An den drei Wochenenden 22. bis 23. Februar, 1. bis 2. März sowie 8. bis 9. März ist der S-Bahn-Verkehr auf der Stammstrecke jeweils samstags und sonntags von 4 bis 16 Uhr stark eingeschränkt. Nur eine Linie verkehrt dann durch die gesamte Stammstrecke, die anderen Linien beginnen und enden vorzeitig: Die S6 West und die S8 Ost bilden zwischen Tutzing und Flughafen eine durchgehende Linie, die als einzige die gesamte Stammstrecke durchquert. Die Züge in Richtung Flughafen fahren dabei unter der Liniennummer S6, die Züge in Richtung Tutzing fahren als S8. Die S6 Ost fährt nur zwischen Ebersberg und Trudering (U2). Die S8 West fährt nur zwischen Herrsching und Pasing.
Die Innenstadt bleibt trotz der Einschränkungen auf der Schiene erreichbar. Neben der kombinierten Linie S6/S8 (Tutzing <-> Flughafen) fährt auch die S2 von Westen kommend in den Stammstreckentunnel bis Isartor. Für Fahrgäste ist in den oben genannten Zeiträumen ein Busersatzverkehr zwischen Ostbahnhof und Trudering mit Zwischenhalten in Leuchtenbergring und Berg am Laim unterwegs. Auf den übrigen betroffenen Abschnitten können Fahrgäste alternativ andere Verkehrsmittel im MVV nutzen, darunter den Regionalverkehr zwischen Pasing und Hauptbahnhof oder die U5 im Innenstadtbereich. Zudem besteht Anschluss zur U-Bahn an S-Bahn-Stationen der Linien S1 (Moosach & Feldmoching), S3/S5 (Giesing), S4 (Heimeranplatz) und S7 (Harras & Heimeranplatz). Die jeweils beste Verbindung finden die Fahrgäste komfortabel mit Hilfe der Fahrplanauskunft in den Apps, auf der Webseite oder am Automaten.
Die DB arbeitet intensiv an der Inbetriebnahme des neuen Stellwerks am Ostbahnhof. Daher kommt es zusätzlich zu den oben genannten Wochenenden fortlaufend bis in den Juni hinein auch in zahlreichen Nächten zu Fahrplanänderungen. Informationen zu allen anstehenden Bauarbeiten finden die Fahrgäste unter s-bahn-muenchen.de/baustellen. Für Fragen steht der S-Bahn-Kundendialog täglich von 6 bis 22 Uhr unter (089) 55 89 26 65 zur Verfügung.
